L'infection par Omicron après la vaccination améliore un large spectre de réponses immunitaires en fonction des antécédents d'infection

Nature Communications volume 14, Numéro d'article : 5065 (2023) Citer cet article

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L’évasion immunitaire prononcée par la variante SARS-CoV-2 Omicron a permis à de nombreux individus de posséder une immunité hybride, générée par une combinaison de vaccination et d’infection. Des inquiétudes ont été soulevées quant au fait que les infections à percée de l’omicron chez les individus triplement vaccinés entraînent une mauvaise induction de l’immunité spécifique à l’omicron et qu’une infection antérieure par le SRAS-CoV-2 soit associée à un affaiblissement immunitaire. En adoptant une approche large et complète, nous caractérisons l’immunité muqueuse et sanguine contre les antigènes de pointe et sans pointe suite à des infections BA.1/BA.2 chez des individus triplement vaccinés par ARNm, avec et sans infection préalable par le SRAS-CoV-2. Nous constatons que la plupart des individus augmentent les anticorps neutralisants spécifiques à BA.1/BA.2/BA.5 après une infection, mais confirmons que l'ampleur de l'augmentation et les titres post-omicrons sont plus élevés chez les naïfs d'infection. En revanche, des augmentations significatives des réponses nasales, y compris l’activité neutralisante contre le pic BA.5, sont observées quels que soient les antécédents d’infection. Les lymphocytes T spécifiques aux pointes n’augmentent que chez les vaccinés naïfs d’infection ; cependant, les réponses des lymphocytes T post-omicrons sont significativement plus élevées chez les personnes précédemment infectées, qui affichent une réponse induite de manière maximale avec un phénotype CD8+ hautement cytotoxique après leur 3e dose de vaccin à ARNm. Les réponses aux antigènes sans pic augmentent considérablement quel que soit le statut d’infection antérieur. Ces résultats suggèrent que l’immunité hybride induite par les infections à percée omicron se caractérise par une amélioration immunitaire significative qui peut aider à se protéger contre les futures variantes d’omicron.

Depuis sa description initiale en novembre 2021, la variante B.1.1.529 (omicron) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) s’est rapidement propagée dans le monde1,2. Plusieurs virus de la lignée omicron ont depuis émergé, avec des vagues dominées initialement par les variantes BA.1 et BA.2, suivies par BA.4/5, et plus récemment par des combinaisons de variantes omicrons telles que BA.2.75, BQ.1 et XBB3. Le nombre sans précédent de mutations de pointe dans les virus omicron a conduit à une évasion immunitaire considérable de l’immunité induite par le vaccin et l’infection4,5. L’efficacité du vaccin contre l’infection symptomatique du SRAS-CoV-2 par B.1.1.529 après une troisième dose de vaccin à ARNm BNT162b2 est estimée à 67,2 % après 2 à 4 semaines, tombant à 45,7 % après 10 semaines6. En conséquence, un grand nombre d’individus appartenant à des populations hautement vaccinées bénéficient désormais d’une immunité dite hybride, générée par une combinaison de vaccination et d’infection. Une étude de cohorte multirégionale en Suisse a estimé qu’au moins 51 % de la population possédait une immunité hybride en juillet 2022, et que 85 % d’entre elles possédaient un certain degré d’immunité par les anticorps spécifiques de l’omicron7.

Jusqu'à la circulation généralisée de l'omicron, les individus dotés d'une immunité hybride étaient principalement ceux qui avaient été infectés lors des vagues du SRAS-CoV-2 B.1.1.7/alpha ou pré-alpha (« ancestrales »), avant de commencer leur traitement vaccinal. Ces individus « précédemment infectés » présentent des réponses sériques d'anticorps sériques spécifiques aux pointes et de lymphocytes T plus élevées après chaque dose de vaccin que les vaccinés naïfs d'infection8,9,10. L’immunité hybride générée par les infections post-vaccination peut être quantitativement et qualitativement différente des réponses observées chez les personnes ayant été infectées par le SRAS-CoV-2 avant de recevoir un traitement vaccinal. Cela peut être dû à des différences dans l’exposition initiale au SRAS-CoV-2 ou à une exposition antigénique plus faible au cours de l’évolution atténuée des virus omicron ; bien qu’il soit difficile de distinguer les contributions du changement de phénotype viral de celles de l’immunité préexistante11. Des rapports récents ont suggéré que l'immunité spécifique à l'omicron générée par des infections révolutionnaires pourrait être atténuée chez les individus triplement vaccinés, ceux ayant des antécédents de SRAS-CoV-2 ayant une réponse particulièrement faible en raison de « l'empreinte » immunitaire de leur infection précédente12, 13.